يتضمن البروتوكول الطويل مرحلة قمع لتقليل تنظيم الدورة الطبيعية للمريض، في حين أن البروتوكول القصير لا يفعل ذلك وغالبًا ما يكون مفضلاً للمرضى الذين قد يكونون معرضين لخطر التحفيز الزائد.

يعتمد الاختيار بين بروتوكولات التلقيح الاصطناعي الطويلة والقصيرة على التاريخ الطبي المحدد للمريض، والاستجابة للعلاجات السابقة، وتوصيات أخصائي الخصوبة. كلا البروتوكولين لهما مزاياهما وفعالان في مساعدة الأزواج على تحقيق الحمل من خلال التلقيح الصناعي.